Baselinker oferuje wygodny moduł magazynowy. W podstawowych zastosowaniach działa bardzo dobrze i spełnia wymagania większości klientów niezależnie od formy działalności. Dla małej grupy firm które potrzebują rozbudowanej gospodarki magazynowej rekomendujemy wdrożenie centralnego magazynu w bardziej zaawansowanych programach np. Subiekt.